Spor oko imena Makedonije opterećivao je odnose Atine i Skoplja od 1991. i raspada bivše Jugoslavije.
Makedonija je proglasila nezavisnost 8. septembra 1991, ali je Grčka odmah blokirala njeno međunarodno priznanje smatrajući da ima ekskluzivno istorijsko pravo na ime Makedonija koje nosi njena sevrena pokrajina i da je upotreba tog imena znak teritorijalnih pretenzija Skoplja.
Makeodnija je 1993. primljena u UN pod privremenim imenom Bivša Jugoslovenska Republika Makedonija (BJRM - FYROM), ali ju je većina zemalja uključujući SAD i Rusiju priznala pod njenim ustavnim imenom Republika Makedonija.
Naredne, 1994. Grčka je Makedoniji uvela ekonomski embargo zabranivši joj korišćenje grčke luke Solun i tražeći da sa državne zastave ukloni sunce iz Vergine - simbol antičke makedonske dinastije i grčki simbol za Atinu i da promeni neke delove ustava.
Godinu dana kasnije, 1995, Grčka i Makedonija su u Njujorku potpisale sporazum koji je otvorio put za normalizaciju političkih i trgovinskh odnosa ostavljajući problem imena države po strani. U Skoplju i Atini su otvorene kancelarije za vezu a Makedonija je uklonila sporni simbol sa svoje zastave.
Makedonija je 2005. dobila status kandidata za člansvtvo u EU ali ne i datum za početak pregovora o čemu se odluka donosi jednoglasno i nije moguća bez saglasnosti Grčke.
Skoplje je 2008. podnelo kandidaturu za članstvo u NATO pod privremenim imenom BJRM ali se ponovo suočilo sa vetom Grčke.
Odnose Atine i Skoplja je 2011. dodatno pogoršalo podizanje monumentalnog spomenika Aleksandru Velikom u centru Skoplja što je Atina ocenila kao provokaciju.
Nakon promene vlasti u Makedoniji 2017, novi premijer Zoran Zaev obećao je da će porodubiti prijateljstvo sa Grčkom i ojačati napore da se dođe do rešenja spora.
